Computational Biomedicine & Systems Biology Initiative
重新注解古老本草：以计算生物学与现代循证医学为桥
Demystifying Traditional Botany through Molecular Pharmacology, Structural Bioinformatics, and Evidence-based Rigor.
👤创作者档案与学术兴趣 (The Creator / Researcher)
🧬
高玄同(Tommy Gao)Student Researcher
Focus: Molecular Biology · Bioinformatics · Drug Discovery & Natural Compounds
我是一名对生命科学、计算生物学与传统植物药理学怀有极大热情的学生研究者。开发 HerbAtlas 既是我的个人独立学术课题（Passion Project），也是我对“如何用现代计算工具赋能古老智慧”的持续探索。我致力于在本科及未来的科研生涯中，结合生物信息学、高通量筛选与分子动力学模拟，为天然产物的药物发现贡献青年视角。
🔬研究初心与学术驱动力 (Genesis & The "Why")
两千年来，中医药积累了庞大的临床验案与复方体系。然而在现代生物医学语境中，传统经验常因缺乏分子生物学靶点机制而面临严谨性考验。
HerbAtlas（本草图谱）旨在打破这种信息隔阂：将传统植物复方的多靶点协同效应，转化为现代计算生物学可量化、可验证的研究模型。
🧬循证筛选与知识本体方法论 (Methodology & Evidence Rigor)
我们为每味药材建立了严格的“古籍溯源 - 化学单体 - 分子靶点 - 临床文献”四级双向对齐标准：
📚 原典文献严谨考据
考据八大核心经典本草，规范道地性、植物学分类学名及经方炮制法度，杜绝同名异物。
🧪 分子与活性单体归纳
提取明确化学母核的特征活性成分（如黄芪甲苷、人参皂苷），作为计算生物学特征分析的基石。
📊 同行评议文献对齐
所有药理机制与安全警戒均锚定 PubMed / NCBI 期刊文献，排查假阳性，确保每一项论述均有现代文献支撑。
⚗️ 溶出动力学与煎煮理化
结合先煎、后下等特殊煎煮工艺，从水热溶解度与热降解动力学角度解析物理化学机制。
💻系统设计与数据工程架构 (Computational Architecture)
- 结构化数据本体 (JSON-based Knowledge Graph Schema)：50味药材属性全面结构化，便于与 PubChem 等外部数据库接口联动。
- 极速轻量静态生成 (Astro Static Site Generation)：Island 架构实现高并发与零运行负担。
- 原生双语引擎 (Zero-dependency Bilingual Runtime)：标准化双向状态机管理英汉双语对照。
Astro (Island Architecture)Structured JSON OntologyPubMed / NCBI Cross-indexingGitHub Actions CI/CDTypeScript / JavaScript
🚀项目演进与科研规划 (Research Roadmap)
HerbAtlas 不是一个静态的课程作业，而是一个持续成长的开放科学计划：
- Phase 1 (基础本体构建与双向循证校验 · 已完成 / Current)：完成 50 味道地药材的结构化数据本体构建，考据八大经典本草，实现活性单体化学结构归纳、PubMed 期刊文献交叉验证及理化煎煮动力学解析。
- Phase 2 (知识图谱与网络药理学 · 推进中 / In Progress)：引入 D3.js / Cytoscape 构建“药材 - 单体化合物 - 蛋白质靶点 - 疾病表型”的多层相互作用网络可视化。
- Phase 3 (分子对接与微观模拟模块 · 规划中)：基于 AutoDock Vina 与公开蛋白质晶体结构（PDB），为精选单体添加小分子配体与疾病受体对接亲和力的初步计算分析。
- Phase 4 (开源学术共同体协作 · 远期愿景)：向全球对天然药物学与民族植物学感兴趣的青年研究者开放 Pull Request 协作，共同扩充至 200+ 临床核心草药。